要修禅还必须守护心无恶作的清净戒律。如云：“具戒者居彼。”随后修行一心不散之因——禅定。（《入行论》中说：）“有止诸胜观，能灭诸烦恼，知已先求止，止由离贪成。”如果从最初受戒开始一直没有破戒，那就是摧毁魔幢者，也是树立法幢者；假设出现了破戒的现象，没有抱着无所谓的态度，而对以前所造的恶业追悔莫及，如理如法进行忏悔，得以恢复， 那也是摧毁魔幢、树立法幢者。在此基础上， 修行生起次第、圆满次第并对犹如大地般的誓言三戒开遮加以取舍。三戒清净的人，需要修行禅定。
禅定的本体就是不散乱，在行住坐卧一切时分，用正念的绳索拴住这颗心来修。如（《入行论》中）云：“紧系念法柱，已拴未失否？”我们一定要把念念不忘取舍之处的正念绳索，拴在所缘对境正法的桩子或柱子上，不让他涣散。接着正知的哨兵要察看这颗心到底安住了还是没有安住，如果犹如新媳妇一样谨慎行止的不放逸心已经散动，那么心就需要数数安住于前面的对境。作为初学者，为了不让心外散， 要观察、安住轮番来修慈心和慈等持，系上正念的绳子，用正知的哨兵巡逻。一开始修禅的小坐垫大小一肘见方，后面稍高前面略低，或者这样调整床铺，端坐在上面，身体作毗卢七法，修寂止的时候做到身体悠然放松、心里无有苦楚。
寂止包括有缘寂止和无缘寂止两种：
其一、有缘寂止，心专注于慈心和慈等持之类善心的所缘相上，具足正知、正念、不放逸。内心不散的因，不追溯过去的足迹，不迎接未来的念头，现在不流散到六识对境当中，自己的心，松紧适度，根据修行人各自的状况而定。在松紧适宜的基础上，不加改造而安住。
其二、无缘寂止，不应该全神贯注于慈心等一个所缘相上面，做到心不改造，坦然放松安住，时而以正知、正念、不放逸摄持。
当心越来越安住下来的时候，才对禅定类别加以分析：修慈等持等三摩地叫做凡夫行静虑。修行的觉受越来越有进步，尽管全无欢喜的外境，然而内心一直喜滋滋、乐融融，这是乐觉受；分别念垢染澄清以后能目睹房舍的里里外外等，这是明觉受；看看心是否生起了分别念时，认为无所生起，这是无分别觉受。以上这些单单是寂止，由于对明乐无分别觉受有着耽著的缘故，属于凡夫行禅定，因为贪执明乐无分别不会成为获得解脱之因，只要心里保留着我的明乐无分别这种“人我”与耽著明乐无分别这种“法我”的执著，就与解脱之因——证悟无我相违。这般修习，通过分析禅定支和无色定来修行，从而获得五眼六通等，即是禅定的功德所在。
接下来是义分别静虑，在凡夫行静虑的基础上，凭借理证分析人我和法我，空性、寂止好似水乳交融般圆融双运，在心的执著相方面，虽然不会对前面的明乐无分别耽著，但是仍旧不能放下执著空性的对治心。因此，在资粮道时着重修行凡夫行静虑，加行道着重修行义分别静虑。
如来之静虑，与佛陀的禅定相类似，那是在见道时，止观一味一体而远离了实执、空执， 达到了万法实相真如本性中，远离一切戏论承许。